W roku szkolnym 1990 – 91 do szkół wchodzi religia i etyka. Do grona pedagogicznego dołącza więc ksiądz Eugeniusz Lubiszewski. W związku z przejściem na emeryturę dotychczasowego dyrektora, J. Sławniewicza, jego obowiązki od roku szkolnego 1991/92 przejęła Czesława Panek. Od tego roku przestały działać niektóre organizacje młodzieżowe, m. in. Szkolna Kasa Oszczędności i Spółdzielnia Uczniowska, a Rada Samorządu Uczniowskiego zaczęła wybierać swojego opiekuna spośród nauczycieli. W tymże roku przedszkole wyprowadziło się do mieszkań służbowych. Dzięki temu rok później w pomieszczeniu po nim urządzono pracownię techniczną, a inną klasę przystosowano do wymogów małej sali gimnastycznej; ponadto przeniesiono ubikacje do budynku szkolnego. Oprócz tego wykonano inne prace: generalny remont dachu – przykrycie budynku blachą, poprawa schodów wejściowych i drzwi frontowych, wykonanie zadaszenia nad wejściem. W roku szkolnym 1996/97 wykarczowano sad i przygotowano teren pod duże boisko.
Od 1 września 1997 r. dyrektorem szkoły została Barbara Michalak. Z zapałem kontynuowała ona dzieło swoich poprzedników.
Rok szkolny 1999/2000 przynosi reformę oświatową. Zaczyna funkcjonować gimnazjum, dlatego uczniowie uczą się w klasach I – VI i po raz ostatni w klasie VIII. W klasach I – III zaczynają funkcjonować oceny opisowe. W tym roku połączono bibliotekę szkolną i bibliotekę gminną – powstała Biblioteka Publiczno – Szkolna w Komornikach i na swoją działalność zajęła jedną z klas na piętrze. Pracuje w niej Jadwiga Zawadzka. Ukończono także boisko szkolne; większość prac wykonali rodzice: Z. Zawadzki, R. Krawczyński, J. Chłodny. Uczniowie po raz drugi włączyli się do ogólnopolskiej akcji „Sprzątanie świata – Polska”. Udział w niej stał się odtąd tradycją szkoły.
Rok później naukę w szkole rozpoczęło 101 uczniów. Uczyli się po raz pierwszy w klasach I – VI. W klasie IV i V wprowadzono język angielski. Kontynuowano prace na rzecz szkoły: oznakowano i dopasowano ławki, pomalowano dolny korytarz i budynek na zewnątrz, zamontowano poręcz na klatce schodowej (wcześniej położono na niej i na dolnym korytarzu terakotę), ułożono część chodnika przed szkołą i przy boisku, opracowano plany budowy drugiego, mniejszego boiska, w czasie wakacji wymieniono okna i drzwi.
Rok szkolny 2001/02 też przynosi nowości. Najważniejsza – w kwietniu 2002 r. uczniowie najstarszej klasy po raz pierwszy piszą zewnętrzny sprawdzian kompetencji ucznia kończącego VI klasę szkoły podstawowej (sprawdzian próbny odbył się w październiku r. 2001). W klasach młodszych nauczyciele wprowadzają oznaczenia literowe w ocenianiu cząstkowym: N, D, C, B, A, S. Język angielski obowiązuje już w klasach IV – VI. W remizie szkoła przygotowała imprezę środowiskową pod hasłem: „Koncert dla najbliższych”. Dzięki Radzie Rodziców wzbogaciła się w magnetofon, sprzęt sportowy, mapy geograficzne i książki do biblioteki.
W następnym roku szkolnym szkoła otrzymała dofinansowanie z funduszu Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa oraz Samorządu Terytorialnego na zakup komputerów – dzięki temu powstała pracownia komputerowa. W lutym i marcu 2003 r. odbyło się szkolenie dla miejscowych rolników i osób bezrobotnych (podstawy obsługi komputera, rachunkowość rolna). Nauczyciele i uczniowie przygotowali imprezę dla mieszkańców pod hasłem: „Naszym najbliższym”. Poprawiły się też warunki pracy: od października 2003 r. zaczęło działać ogrzewanie ekologiczne, do umywalek doprowadzono ciepłą wodę.
W roku szkolnym 2003/04 wprowadzono obowiązek przedszkolny, tzw. „zerówkę”. Rok ten obfitował w sukcesy uczniów, którzy godnie reprezentowali szkołę w licznych konkursach, m. in.: Igor Dąbrowski – I m. w województwie i III w kraju w kat. klas IV w ogólnopolskim konkursie „Alfik humanistyczny 2004”, Małgorzata Sokół, Maciej Szkudlarek, Rafał Baranowski – I m. drużynowo w VI Powiatowym Turnieju Wiedzy o Bezpieczeństwie w Ruchu Drogowym, Maciej Zgondek, Maciej Szkudlarek – wyróżnienia w ogólnopolskim konkursie „Zachowaj Trzeźwy Umysł”. W ramach realizacji treści edukacji europejskiej szkoła przygotowała dla lokalnej społeczności imprezę pod hasłem: „Europa da się lubić”. W czasie wakacji wykonano wiele prac, które poprawiły warunki lokalowe i upiększyły szkołę: w pokoju nauczycielskim i gabinecie dyrektora położono podłogi z paneli oraz pomalowano te pomieszczenia, zdjęto boazerię i po uzupełnieniu ubytków pomalowano lamperie, zabudowano drzwi z czytelni na korytarz, na górnym korytarzu położono terakotę, zamieniono pracownię biologiczną z klasą nauczania zintegrowanego, pomalowano elewację budynku. Kolejne prace wykonano rok później: położono panele w czytelni i w klasie na parterze oraz odnowiono te pomieszczenia, pomalowano kolejne klasy, podzielono sanitariaty – na część dla dziewcząt i dla chłopców, położono w nich płytki i zamontowano umywalki, pomalowano i zakonserwowano dach budynku. Dzięki dużemu wsparciu finansowemu ze strony Rady Rodziców oraz sponsorów placówka wzbogaciła się w nowe magnetofony, sprzęt nagłaśniający i audiowizualny, książki do biblioteki, sprzęt do ćwiczeń korekcyjnych, kuchnię gazową i pralkę automatyczną.
Następne lata przynoszą kolejne sukcesy uczniów. W roku szkolnym 2005/06 Igor Dąbrowski zajął III m. w Zimowym Turnieju Tenisa Stołowego na szczeblu powiatowym. W kwietniu 2006 r. uczniowie klasy VI wspaniale napisali zewnętrzny sprawdzian kompetencji – średnia szkoły była wyższa niż średnia gminy, powiatu, województwa i kraju. Po raz pierwszy i, jak dotąd, jedyny osoba zdająca uzyskała maksymalną liczbę punktów (40) – była to Monika Gielniak. Społeczność szkolna przygotowała w grudniu jasełka dla społeczności Komornik i Grupy Wsparcia AA „Szansa” z Mokrska oraz w czerwcu imprezę środowiskową pod hasłem: „Piękna nasza Polska cała”.
2006/07 – od tego roku uczniowie, rodzice i nauczyciele mogą korzystać z pomocy szkolnego pedagoga. Jest nim Elżbieta Kałużna. W tym roku przychodzą następne sukcesy: Elżbieta Kowalik – I m. w powiecie i X w województwie w Turnieju Wiedzy Pożarniczej, Małgorzata Porażka – I m., a Iga Dąbrowska II w powiatowym konkursie plastycznym pod hasłem: „Zero tolerancji”, dwie finalistki: Magdalena Zawadzka i Patrycja Czyż, w Turnieju Młodych Biologów, organizowanym przez MDK w Wieluniu. Szkoła ponownie w grudniu przygotowała jasełka dla społeczności lokalnej i Grupy Wsparcia AA „Szansa” z Mokrska, natomiast w maju uroczystość o charakterze patriotycznym związaną z ważnymi dla Polski wydarzeniami historycznymi. W czasie wakacji w pokoju nauczycielskim wymieniono meble i w klasie nauczania zintegrowanego na piętrze położono nową wykładzinę.